O Conselho Tributário Estadual (CTE) é o órgão julgador de segunda instância administrativa, composto por um órgão Plenário e duas Câmaras de Julgamento. O presidente do CTE será o presidente da 1ª Câmara e o presidente da 2ª Câmara exercerá a função de vice-presidente do CTE. Em substituição ao Presidente de cada Câmara, inclusive em suas faltas e impedimentos, atuará o julgador integrante da classe de Fiscal de Tributos Estaduais.
Cada um desses corpos deliberativos é integrado por julgadores em representação paritária entre Fazenda Pública e Contribuintes, mais um presidente que é escolhido entre os Procuradores do Estado ou da classe de Fiscal de Tributos Estaduais. O mandato dos Julgadores e presidentes, todos nomeados pelo Governador do Estado, é de dois anos, podendo haver renovação.